주식인수란 회사의 존재는 그대로 유지시키면서 다른 회사의 지분을 취득해 결합되는 기업인수의 수단 중 하나이다. 실무적으로도 법적 절차 및 관련 조세의 간소화로 인하여 합병과 영업양수·도 보다 더 빈번히 사용되고 있는 주식 인수와 관련된 조세문제에 대해 알아보자.
 

주식 인수자 측이 검토할 세금 문제
주식인수 방식의 M&A에 있어 인수자 측에서 중요하게 검토해야 할 조세문제는 다음 세가지로 구분된다.

주식매수자금에 대한 증여추정
유상으로 재산을 취득한 사람은 이를 위한 자금의 원천이 있게 마련이다. 이는 본인의 소득이나 보유재산일 수도 있고 타인의 증여일 수도 있을 것이다.
따라서 과세관청은 재산취득자금의 원천을 조사하여 타인으로부터 증여에 의한 것인지를 확인한다. 이는 증여에 의한 취득인 경우 증여세를 과세하기 위한 것이나 일반적으로 증여는 특수한 관계에 있는 자간에 은밀하게 이루어지고 있기 때문에 증여사실의 파악이 어려운 것이 현실이다. 이에 따라 증여세 과세가 누락되는 것을 방지하기 위하여 진행하는 조사를 자금출처 조사라 하고 조사결과 자금출처를 밝히지 못하는 경우 타인의 증여에 의하여 재산을 취득한 것으로 추정하는 것을 재산 취득자금 등의 증여추정이라 한다.
실무적으로 주식인수시 매입자 명의를 누구로 할 것인가를 고려할 때 자금출처 입증문제에 주의를 요한다. 법인명의일 경우에는 문제될 것이 거의 없겠으나 만일 경제적 능력이 없는 미성년자를 주식 매입자로 한다면 자금출처가 문제될 수 있다.
따라서 주식 취득시 주식을 취득할 만한 경제적 능력이 있다고 인정하기 어렵거나(직업·연령·소득 및 재산상태 고려), 과세당국의 자금출처 소명요구에 대해 자료를 제출하지 못할 경우 취득자금을 증여 받은 것으로 추정하므로 주식매수자는 매수자금에 대한 자금출처 자료를 사전에 구비해 둘 필요가 있다.

과점주주의 취득세 납세의무
지방세법에서는 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하고 있다(지방세법 제7조 ⑤).  과점주주라 함은 주주 또는 유한책임사원 및 그와 「지방세기본법 시행령」제24조에 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 또는 출자액의 합계액이 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다. 다만, 코스피시장에 상장된 법인의 경우에는 적용되지 않는다.

과점주주의 제2차 납세의무
법인의 재산으로 국세, 가산금과 체납처분비 및 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우 납세의무성립일 현재의 과점주주는 ‘부족액에 소유주식 또는 출자지분의 비율을 적용한 금액’을 한도로 하여 제2차 납세의무를 부담한다.(국세기본법 제39조, 지방세기본법 제46조) 이 의무도코스피시장 상장법인은 제외된다.
과점주주에게 이러한 제2차 납세의무를 부담시키는 취지는 과점주주가 당해 법인을 자기 의사대로 자유롭게 지배·운영함으로써 법인제도를 악용하여 법인재산의 은닉, 분산, 유출, 이동 등으로 인한 탈세행위를 방지하기 위한 것이라고 할 수 있다.
그러나 주식인수로 새로운 기업주가 과점주주가 될 경우 당해 법인이 미처 부담하지 못한 국세, 지방세 등의 조세채무가 인수 후에 밝혀지게 된다면 새로운 기업주 측으로서는 무척 당혹스러운 일이 아닐 수 없다. 따라서 새로 인수하게 되는 기업의 우발성 조세채무가 존재하는지 여부에 대한 세밀한 검토가 기업인수 진행과정에서 선행되어야 한다. M&A실무상 우발성 조세채무에 대해서는 담보제공 요구 또는 인수대금의 지연지급 등의 조치가 취해지는 것이 일반적이다.

주식 양도자측이 내야 할 세금문제
주식양도에 대한 양도소득세
주주가 주식회사에 출자를 하고 그 투자한 금액을 회수하는 방법 중 하나는 보유주식을 타인에게 양도하는 방법이다. 이 경우 주식매각에 따른 법인세 또는 양도소득세가 과세되는데 개인 주주의 경우에는 양도차익에 대한 세율적용이 상장주식인지 여부, 대주주인지 여부, 보유기간과 거래소 시장을 통해 거래되었는지 여부에 따라 다르므로 이를 고려하여야 한다.(소득세법 제104조)

또한, 2017년 8월 2일에 발표된 세법 개정안에 따르면 과표 구간을 신설하여, 대주주의 주식양도소득 중 과세표준 3억 원 초과분에 대하여는 25%(단, 30% 세율 적용분 제외)의 세율을 적용할 예정이다.
한편, 위의 주식 외에 법인이 부동산을 과다하게 보유한 경우 그 법인의 주식은 실질적으로 부동산을 매매하는 것으로 보아 세율을 달리 적용하는 경우가 있다. 이 경우에 해당하는 주식을 특정주식이라 하며 법인의 자산총액 중 부동산의 비중, 양도주식수 등에 중과세율이 적용되기도 한다.
만약, 개인이 국외주식 등을 양도할 경우 대주주 해당 여부에 불문하고 양도소득세를 납부해야 한다. 소득세법에서는 거주자(국내에 당해 자산의 양도일까지 계속 5년 이상 주소 또는 거소를 둔 자에 한함)가 국외에 있는 주식 등의 양도에 따라 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있다.

주식 양도시 양도소득세율

증권거래세
계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 주권 또는 지분의 양도에 대하여 증권거래세가 부과된다. 다만, 뉴욕증권거래소 등 증권시장과 비슷한 시장으로서 외국에 있는 시장에 상장된 주권 등을 양도하는 경우와 외국유가증권시장에 주권 등을 상장하기 위하여 인수인에게 주권 등을 양도하는 경우 등은 증권거래세 과세대상에 해당하지 않는다.

주식의 종류별 증권거래세율

다만, 중소기업창업투자회사, 창업기획자 또는 중소기업창업투자조합, 신기술사업금융업자 또는 신기술사업투자조합이 신기술사업자인 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우 등에는 조세특례제한법에 따라 증권거래세를 부과하지 않고 있다.